В естественнонаучной коллекции хранится более 6 тысяч единиц хранения, дающих представление о многообразии растительного и животного мира Белгородчины. Наиболее интересны коллекции насекомых, раковин, птиц и птичьих яиц, животных и растений, в том числе редких образцов, занесенных в Красные книги России и Белгородской области.